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可惜即使这样一条看似密不透风的防线，在周文育面前依旧不堪一击。周文育先是按兵不动，让部队充分休息了一个白天，等到天黑之后突然鼓噪而发。刹那间，江面上战鼓震天，梁军将士如神兵天降，对齐军防线发起了猛烈攻击。
当时夜色昏暗，北齐守军搞不清南梁部队有多少人，猝然听到惊天动地的战鼓，面对从未见过的凌厉攻势，很快就陷入了极度的恐慌和混乱，整个防线节节败退。
等到天亮的时候，南梁部队已经击溃了北齐的大部分防线，直逼徐嗣徽的本部。徐嗣徽见情况不对，赶紧派部下鲍砰去挡住周文育。
鲍砰是徐嗣徽麾下的骁将，以骁勇善战着称，他在战船上左右开弓，射杀了不少南梁士兵，暂时挡住了南梁的攻势。
周文育大怒，他亲自驾着一只舴艋小船冲到鲍砰的战船缆绳跳入水中，把战船拖回己方的阵营。
这下直接把北齐士兵给看傻了，他们从没见过这么猛的人，居然一个人拽跑了一艘战船。顷刻之间北齐军心大乱，再也没人听徐嗣徽的指挥，纷纷上岸逃命。徐嗣徽阻止不住，只好也跟着弃船登岸，狼狈地去找齐军大部队。
周文育虽然这次突击打得很漂亮，但回军的速度还是慢了。五月二十九日，北齐大军架桥渡过秦淮河，占据方山，之后进至倪塘，距离台城只有三十里左右，游骑斥候甚至出现在台城周边。
建康城内开始一片恐慌，一帮朝臣又开始明里暗里埋怨陈霸先。陈霸先烦得要死，干脆不在台城呆着了，带着主力禁军入驻建康南侧的长乐寺，同时把驻守梁山的侯安都和驻守马牧的徐度都调回身边，收缩防线，做好了跟齐军决一死战的准备。
周文育赶到建康的时候，陈霸先正在跟徐嗣徽等人临阵对峙。正要交战之时，战场上突然刮起西南风，陈霸先有点儿犹豫，迟迟不肯下令进攻。周文育问他啥情况，陈霸先道：“兵书有云，兵不逆风，现在风向对咱们不利。”周文育一跺脚：“事态紧急，还拘泥于什么古法兵书？再不打就被敌人占据先机了。”他操起大槊，一马当先就冲了出去，陈霸先见状只好指挥众军紧随其后。恰逢此时风向逆转，南梁将士在周文育的带领下所向披靡，一战斩杀北齐数百人。
侯安都那边也不甘示弱，他在御耕坛南侧跟另一支北齐部队展开对阵。战斗中侯安都率领十二铁骑横冲敌阵，生擒北齐将领乞伏无劳，北齐主将之一东方老也被刺于马下，多亏亲兵拼死相救才捡回一条命。
几次局部接触都没占到便宜，北齐将领们的心态越发焦躁。
六月初一，北齐大军潜至建康东北的钟山。之所以要绕到这里，一方面是居高临下占据地利优势，另一方面也是想打通新的后勤通道，因为原来的芜湖临江据点已经被徐嗣徽搞丢了，粮草运不过来，如果再搞不到粮草，部队就没饭吃了。而钟山再往北就是栖霞山，那里有江乘渡口可以接收江北的物资。
然而北齐将领们想到的事情，陈霸先这边也很清楚，他故意放北齐的信使过江联络，然后在江北的粮草即将到达江乘之际，突然派水军半路邀击，击溃了齐军的运粮部队。
北齐部队的战船都丢在了芜湖，将士们渡口边上，看着快要过来的粮草被陈霸先在眼前截胡，不禁欲哭无泪，无计可施。仅有的粮草没几天就消耗光了，众人很快就饿得两眼泛着绿光，后来不得不宰杀随军的战马和驴子充饥。
在没有军粮的情况下，再占据钟山地利已经没有意义，几个将领碰了个头，决定越过钟山，进逼台城，寻求尽快跟陈霸先的部队决战。
陈霸先见齐军主力从钟山上下来了，当即派兵抢占乐游苑东及九华山北的冲要位置，卡住齐军进攻台城的路线。
北齐将领王敬宝本打算从钟山东边的龙尾坡下来，但在这里他遇到了侯安都强烈阻击。战斗中侯安都麾下军主张纂在冲阵时牺牲，侯安都亲自挥刀杀入敌阵，一路砍死十几名骑兵，抢回了张纂的尸体。
齐军见侯安都太过凶猛，只好退了回来，改从钟山北面绕道下山，之后在玄武湖北侧完成集结，企图南下占据北郊坛。
陈霸先这边也随方应拒，把部队集中到北郊坛北侧，封住齐军南下的路线。
两军主力终于正面相遇，齐军将领们期盼已久的决战一触即发。
然而天公不作美，战斗还没开打，就碰上连日大雨，平地水深过丈。齐军占据的地势太低，士卒们终日泡在泥水里，苦不堪言。而南梁这边背靠台城和覆舟山，地势干燥，又可以轮班休息，条件要好得多。
然而还有个更严重的问题无法回避：双方的军粮都快耗尽了。北齐固然是因为后勤被封，而南梁则是根本没后勤可用。陈霸先的实控区域只局限在建康周边，四周叛乱迭起，根本没人给他运粮过来，建康这些年饱经战火，士民离散，也征集不到粮食。
关键时刻陈蒨（qiàn）雪中送炭，从吴地老家筹集了三千石米，一千只鸭子，派人送到建康。陈霸先大喜，当即下令煮饭炖鸭，之后以荷叶裹饭，中间加上几块鸭肉，分配给全军将士。六月十二日凌晨，南梁士兵们饱餐荷叶裹鸭饭，士气大振，在陈霸先的指挥下向北齐大军发起了全面的进攻。
双方在钟山西侧展开了最后的决战。陈霸先带着周文育、徐度等人负责正面对抗齐军主力，部将吴明彻、沈泰等人领兵从侧翼发动攻击，侯安都带领一千多精锐士兵绕道白下，从齐军身后发起横击。
战斗过程相当惨烈，侯安都陷阵过深，不慎坠落马下，被北齐军队团团包围。紧急关头，部将萧摩诃单枪匹马杀入重围，把侯安都救了出来。侯安都换马再战，其他几支南梁部队也首尾齐举，奋力拼杀。
此时北齐这边缺乏统一指挥的弊端充分暴露出来，将领们各自为战，没有任何战术配合，而且士兵们都饿着肚子，士气低迷，挡不住南梁军队的凌厉攻势。没过多久，北齐部队就开始溃败。南梁诸军乘胜追击，徐嗣徽、萧轨、东方老、王敬宝、李希光、裴英起等共四十六名将帅均被活捉，只有任约侥幸逃脱，但从此之后也再无音信。北齐士兵死伤惨重，少数跑到长江边上的士兵把芦苇扎成筏子，试图过江，但刚到江中心苇筏就被水冲散，士兵纷纷落入水中，浮尸满江，从建康一直漂到京口，最后活着逃回北齐的不过十之二三。
这次南北之战最终以南梁的全胜而告终。陈霸先受够了北齐的出尔反尔，他下令将抓到的北齐将领们统统斩首，一个也没留。