请关闭浏览器的阅读/畅读/小说模式并且关闭广告屏蔽过滤功能,避免出现内容无法显示或者段落错乱。
因为刘仁华忽然想到一个事情。
耳听为虚,眼见为实。
这年头,人造天才可以说比人造肉还便宜。
论文靠导师挂名,成果靠团队喂养,数据靠精修,故事靠包装。
发了两篇顶刊,然后通稿立刻满天飞。
百年一遇、横空出世、颠覆领域......
媒体一吹,同行一捧,帽子一戴。
然后天才就成了。
可凑近一看的时候,实验是师兄跑的,代码是师弟写的,图是师妹画的。
天才本人最擅长的,是在组会上说这个方向很有前景。
一旦离开平台、断了资源、撤了团队,立刻原形毕露。
人造的天才,是流量吹起来的。
只有真正的天才,是时间筛出来的。
吹得越高,摔得越响。
毕竟,气球再大,也经不起一根针。
这个林晓究竟是不是被吹起来的天才。
只要近距离接触过一段时间就知道了。
刘仁华顿时计上心头。
现在不就是一个机会吗?
看到那人没说话,只是走到工位旁边,拉了一把椅子坐下来。
林晓把屏幕转向他这边,指着一列文件:“这批玉米自交系的基因型数据,格式是VCF,里面有大概两百多万个SNP位点。”
“你先帮我把这些文件按染色体拆分,每条染色体单独存一个文件,然后用PLINK做一遍基础质控。”
“MAF过滤到0.05,缺失率过滤到0.1,剩下的位点再跑一次哈迪-温伯格平衡检验,值小于1e-6的标记出来。”
“这个你应该会吧?”
刘仁华听完心里有些小意外。
这个研究生确实有点水平啊。
知道要用PLINK做基础质控,确实没什么。
毕竟只是几条命令的事,MAF、缺失率、HWE,参数一填,结果就出来了。
这套流程任何一个上过生信课的研究生都能跑。
但知道哈迪-温伯格平衡检验就不一样了。
它看着只是一行公式。
但真要做到每条染色体、每个位点、每批样本都算一遍,还要处理缺失基因型、多等位位点、群体分层带来的假阳性。
这个计算量和边界条件直接爆炸。
更麻烦的是,大规模数据下不能简单循环,必须做矩阵化、分块并行,还得保证值精度不丢。
简而言之,后者是见真功夫的事情。
看到那人点了点头,林晓随即翻到另一个窗口,调出了一组已经处理好的表型数据。
“这组是西南育种站的表型记录,包含株高、穗位高、倒伏率、籽粒产量四个性状。”
“你做完之后,再帮我把基因型和表型按品种编号做一次匹配。”
“确认没有对应不上的个体。”
毕竟不是他亲自动手,还是要看一眼才放心。
林晓还是跟在旁边看了几眼。
只见到他说完之后,那人已经打开了终端窗口,手指在键盘上快速输入了一行命令。
林晓看了一眼他敲的指令,发现参数格式完全正确。
而且他顺带加了一个日志输出路径,可以把每一步的运行状态单独存下来,方便后续排查。
看到这里,林晓就没有再看了。