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陇西有生名慕云，字子瞻，性孤介，嗜古籍，家贫不能购书，每假借于藏书之家，手自笔录，计日以还。虽天大寒，砚冰坚，手指不可屈伸，弗之怠。尝游终南，迷道入幽谷。时值暮春，落英缤纷，溪水泠然，鸟鸣山幽。生行半日，见白鹿饮涧，角挂玉铃，声如碎玉，清脆可听。生异之，尾行三里，至一洞天。石壁镌蝌蚪文，苔藓斑驳，隐约可辨“云溪”二字。洞口有桃树一株，花开如锦，落英浮水，香闻数里。
生入洞，见光华流转，洞壁皆嵌夜明之珠，照如白昼。有女子倚竹而歌，其声清越，如鸣佩环。歌曰：“月为钩兮星为饵，钓尽人间痴儿女。云为裳兮霞为佩，阅遍红尘多少泪。”生愕然，女子回眸，素衣胜雪，眉间朱砂如泪，眸若秋水，顾盼生辉。生不觉痴立。女子莞尔，曰：“妾乃云溪守灵人，姓清名漪。君既至此，当有夙缘。”遂引生观溪中倒影。生俯视溪面，见一少年将军横剑自刎，血溅桃花，旌旗委地，残阳如血；又见一书生焚稿，火中化蝶，青烟袅袅，随风而散。生心悸，问其故。清漪叹曰：“此皆君之前世。君本天界司命星君，因怜悯苍生，私改命簿，被谪人间。今既觉醒，可愿随我修真，重返天界？”
生沉吟良久，曰：“吾闻修真之道，逆天而行，夺天地之造化，侵日月之玄机。吾本凡俗，何德何能？”清漪曰：“君勿谦。君前世为将时，曾射落九日，触怒天帝；为僧时，曾以血肉饲鹰，割肉喂虎。此皆大慈悲，大功德。天帝虽怒，亦不能泯君之善根。”生闻言，忽觉心头一震，前世种种，如潮涌至。遂拜曰：“愿闻其详。”清漪乃设坛焚香，以剑指天，口诵真言。俄而风云变色，溪水倒流，白鹿长鸣，百鸟朝集。生闭目凝神，觉丹田有气如游丝，渐聚渐凝，如珠如玉。
清漪授以《黄庭内景经》，曰：“此经乃太上老君所传，修之可通百脉，涤凡尘。”生朝夕诵习，不敢懈怠。又授以“太虚剑意”，剑法飘逸如云，凌厉如电。生习之三年，剑成时溪水倒流，百鸟朝鸣，白鹿跪伏。然生每见清漪对月垂泪，问之不语。生心疑之，然不敢强问。
某夜，生潜至后山，见清漪与黑衣人对弈。棋枰竟以骷髅为子，清漪落子时，指尖渗血，滴于棋枰，化作红莲。黑衣人笑曰：“千年之约将满，汝真欲以灵珠换此凡夫？汝修行三千载，只差一步便可飞升大罗，何苦为区区一凡人，自毁道基？”清漪冷然曰：“他为我碎丹三世，我何惜一魄？你玄冥老怪，休得多言。当年若非你挑拨离间，天帝何至降此重罚？”生闻言如遭雷击，忽忆起前世为将时，曾射落九日，触怒天帝；为僧时，曾以血肉饲鹰。清漪竟以千年修为，代受天罚。每世清漪必寻生，每世生必忘清漪。清漪以泪洗面，以血养魂，只为今生能让生觉醒。
生大恸，伏地泣曰：“吾何德何能，累卿如此！”清漪扶生起，拭其泪，曰：“君勿悲。此乃妾自愿。当年若非君以血肉饲鹰，妾早为鹰食。君不记，妾却铭心刻骨。”生曰：“自今而后，吾与卿共进退，同生死。”清漪曰：“玄冥老怪觊觎云溪灵脉，欲夺之修炼魔功。中元节必来犯，君当谨备。”生乃日夜苦练，剑法愈精。
会中元节，清漪携生入市。市廛熙攘，灯火如昼。生见一老妪卖画，画中女子酷似清漪。老妪忽化黑雾，卷画而去。清漪面色骤变：“此乃魔道‘画皮’之术，必是玄冥老怪！”遂追至乱葬岗。玄冥以万魂幡困住清漪，幡上鬼哭狼嚎，阴风惨惨。玄冥曰：“清漪，汝若交出灵珠与灵脉，吾可饶汝二人性命。否则，叫汝魂飞魄散，永世不得超生！”清漪曰：“妄想！”遂拔剑相斗。生亦拔剑助战。然玄冥魔功高深，生剑折，清漪为护生，自爆灵珠。天地变色，万魂幡碎，玄冥重伤遁去。清漪残魂飘荡，如烟如雾。
生抱清漪残魂，泣血三日。泪尽继之以血，血尽继之以声，声嘶力竭，天地为之悲。忽闻溪水倒流，白鹿衔灵芝而至。灵芝九叶，每叶色不同，光华流转。白鹿跪伏，以角触生手，生解其意，取灵芝喂清漪残魂。清漪魂渐聚，然终不能成形。生乃以自身精血养之，日复一日，月复一月，三年如一日。生形容枯槁，发白如雪，然志不稍懈。
一日，溪中忽现金光，太上老君现于云中。老君曰：“善哉善哉。慕云以凡人之躯，养魂魄三年，精诚所至，金石为开。清漪守灵三千载，功德圆满。今赐汝二人金丹各一，服之可重塑肉身，同登仙界。”生与清漪跪拜受丹。服丹后，清漪魂凝体复，光华更胜往昔。生亦返老还童，英姿勃发。
太上老君又曰：“玄冥老怪虽遁，然其魔心不死。汝二人当守云溪灵脉，泽被苍生。若有难，可焚此符，吾当来助。”遂赐符一张，化金光而去。生与清漪乃重修云溪洞府，植桃种竹，养鹿驯鹤。四方慕道者闻风而至，生与清漪皆以善道教之，不取分文。云溪之名，渐传天下。
居数年，玄冥老怪果复来犯。率魔兵数千，围云溪，声言不破云溪誓不还。生与清漪合力御之。生使太虚剑意，剑光如虹，清漪使灵珠妙法，光华万丈。然魔兵众多，杀之不尽。生乃焚太上老君符。俄而金光万道，老君率天兵天将至，须臾间魔兵尽灭，玄冥被擒。老君曰：“玄冥，汝本天界仙官，因贪嗔痴堕入魔道。今当罚汝入轮回，历百世苦，方可重返天界。”遂命天将押去。
自此，云溪太平。生与清漪日则论道，夜则观星。或驾云游四海，或乘鹤访三山。生尝问清漪：“卿守灵三千载，只为吾一人，值乎？”清漪笑曰：“君为吾舍身，吾为君守魂。此乃因果，何谈值不值？况君今已觉醒，与吾同修大道，岂非天大之幸？”生亦笑曰：“然。若非卿，吾尚在红尘中醉生梦死。今得与卿携手，虽南面王不与易也。”
又数年，生与清漪同日飞升。飞升之日，云溪百姓皆见祥云缭绕，仙乐阵阵，白鹿前导，百鸟随行。生与清漪乘云而去，回首人间，但见云溪如带，青山如黛。清漪曰：“此去经年，不知人间几度沧桑。”生曰：“无论沧桑几度，吾与卿永不相离。”遂携手入云，不知所终。
后人有诗赞曰：
云溪深处有仙缘，守灵三千为君怜。
太虚剑意惊天地，灵珠妙法动九天。
三生石上情难断，九死一生志更坚。
今日飞升乘云去，空留佳话在人间。
又有一诗单道慕云之痴：
陇西有生名慕云，为酬知己入山深。
三年泣血养残魂，一片精诚动太清。
莫道凡尘无大爱，须知草木有真情。
至今云溪溪畔月，犹照当年白鹿鸣。
又有诗赞清漪之贞：
守灵三千载，只为一人痴。