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孙传庭骑着一匹马在阵地上来回走了两遍，把每一处高地、每一段河沟都看了一遍。
他对高杰说道：“西贼来势凶猛，但南京城大墙厚，只要顶住第一波攻势，后面就能稳住。”
高杰点头称是，心里却知道这点兵力在野战中根本挡不住西贼，史可法已经在扬州殉国了，如果南京再有失，自家督师怕是不会再继续南撤了，当初他从陕西逃往南方后心里就一直堵得慌，后续崇祯皇帝死后他更是无法自拔。
五月初八，两军在幕府山南麓遭遇。孙传庭把主力摆在正面，想跟大西军打一场阵地战。
可大西军没有按他预想的来，张可望和张定国从两翼包抄，张文秀率骑兵从侧后迂回。
三路同时压上来，明军的防线被冲得七零八落，高杰带着本部人马拼死冲杀了一阵，但左右两翼已经垮掉了，孙传庭在中军督战的时候，一颗鸟铳铅弹从侧面打来，正中他的胸口，他捂着胸口从马上栽下去，周围的标兵冲上去扶他，他已经说不出话了，手指着北面，嘴里涌出一口血，头一歪便断了气。
高杰看到督师阵亡，没有犹豫冲过去把孙传庭的尸体抱上马背让军官们率军撤退在杭州集结，他身后的明军看到主帅跑了，也纷纷丢了兵器往南逃，大西军追了二十里地，俘杀了两千多明军，剩下的溃散在南京城郊的田野和山丘之间。
五月初十日，天还没亮，弘光帝朱由崧在宫中召见了马士英和几个贴身太监，他坐在龙椅上问马士英：“南京还能守几天？”
马士英说道：“陛下守不住了，西贼已经重兵压境，郑鸿逵的水师也跑了，督师孙传庭战死了，高杰部溃散，城中守军不到一万没有任何希望守住了。”
朱由崧性子没他堂哥那么死板，当天就带了几个亲信太监和马士英还有几百护卫，从南京城的南门悄悄走了，走的时候天还没亮，城中大部分官民都不知道皇帝已经跑了。
天亮之后，南京城里传开了皇帝和首席大学士已经离城的消息，城中的官绅军民顿时乱成了一锅粥。
街面上到处是跑来跑去的人，有人往城门口挤，有人往家里跑，有人在大街上嚎啕大哭。
一部分官员进了刑部大牢，把里面关着的一个少年抢了出来，那少年自称是崇祯太子朱慈烺，被关在牢里已经有些日子了，官员们把他拥到武英殿，让他坐上龙椅，年号仍称崇祯十八年，可这个少年坐在龙椅上，面对底下乱哄哄的人群也不知道该怎么办。
而南京守备勋臣忻城伯赵之龙把保国公朱国弼、魏国公徐久爵、隆平侯张拱日等几个勋戚和大学士王铎、蔡奕琛、礼部尚书钱谦益、左都御史李沾等三十几个高官显贵召集到了一起，在守备府里关起门来商议了一个上午，决定向大西军投降。
赵之龙派了一个使者，带着一封降表往大西军营中去了，使者到了张献忠的军帐前，双手把降表呈上。
张献忠坐在帐中，让身边的赞画把降表念了一遍，降表写得极其谦卑，称张献忠为“大西皇帝陛下”，自称“南京守备勋臣赵之龙等顿首百拜”，说“南京城中的官绅军民，皆愿归顺陛下，恭请陛下入城安民”。
张献忠听完之后点了点头说道：“告诉他们，明日午时朕率军入城，让他们把城门打开，把城中的兵马都撤了，若有半点埋伏，城破之后城内文武一个不留。”
使者回去之后把话传给了赵之龙，赵之龙连夜让人把城中的守军撤了，又让人把城门上的大明旗帜收了起来。
第二天午时，张献忠骑着马从南京城的正阳门入城，他身后跟着张可望、张定国、张文秀等将领和数万大西军士卒，队伍从正阳门一直排到洪武门外，旌旗蔽日，甲胄如林，马蹄踏在南京城的石板路上，发出清脆而密集的声响。
赵之龙、朱国弼等人在城门口跪了一地，他们穿着崭新的朝服，手里捧着印信和户籍册子，额头贴在路面上，张献忠骑马走到他们面前勒住缰绳，低头看了一眼：“起来吧，带朕去看看你们的皇宫。”
赵之龙等人爬起来，低着头在前面引路，张献忠骑着马跟在后面，队伍穿过正阳门、洪武门、承天门，沿着御道一路往皇宫的方向走。
南京城中的百姓挤在御道两侧的巷口和屋檐下，看着这支队伍从面前经过，这些百姓倒是很感激赵之龙，让他们躲过了一场兵灾。
崇祯八年刘处直率军攻陷凤阳后曾经也尝试过打过江去，不过那会儿义军实力尚弱，但他自己都没想到，先摘下这个桃子的居然是张献忠。