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陈霸先之所以不顾结义之情，对昔日的兄弟王僧辩痛下杀手，主要原因有两个。
首先，陈霸先对王僧辩屈服于北齐的压力，废掉萧方智，改立萧渊明这件事极其不满。在他看来，这是彻头彻尾的背叛行为，不仅背叛了国家，也背叛了两人当年在白茅湾歃血时的承诺。当时两人曾经对天盟誓，要“同心共契，必诛凶竖，尊奉相国，嗣膺鸿业，以主郊祭”。这里的相国指的就是萧绎（当时萧绎还没有称帝，仅以相国身份承制）。现在萧绎虽然被害，但他的子嗣还在，没有理由让位给一个并非萧衍直系，而且明显是被北齐当作傀儡送回来的萧渊明。王僧辩此举本质上就是投敌卖国，将南朝的权柄拱手让给北齐。在这种局面下，如果陈霸先再坚持国事自主，必然会被萧渊明和王僧辩视为行动上的障碍，找机会除之而后快。为了匡扶社稷，也为了个人自保，陈霸先不得不铤而走险。
其次，这件事也是以南朝土着势力跟传统门阀世家之间阶级矛盾的集中体现。陈霸先是扬州吴兴郡长城县（今浙江省湖州市长兴县）人，属于南朝土着，出身寒微，完全是靠军功才得到现在的地位。他的部下，包括侯安都、周文育、杜僧明等人的出身都跟他差不太多，这些人虽然军功卓着，但由于没有世家背景，一直被世家大族轻视甚至欺负。比如吴兴太守杜龛，他仗着自己京兆杜氏的身份，根本没把陈霸先放在眼里，甚至觉得陈霸先一个土着居然官职比自己还大，简直是乱了规矩，于是他在吴兴不干别的，专门找陈霸先亲族的麻烦。陈霸先麾下的将领面对的基本上也都是这种情况。
杜龛是王僧辩的女婿，其他欺负人的世家子弟也大都是王僧辩从江陵带过来的，而王僧辩这个人虽然打仗还行，但性格偏软，约束不住亲族下属，导致两个集团之间的矛盾越来越深，几乎到了水火不容的地步。这也是侯安都为什么如此主动催促陈霸先起事的原因。
石头城出事的时候，其他部队都在观望，只有当时身在建康的前青州刺史程灵洗连夜带着部下过来支援王僧辩，可惜他赶到的时候战斗已经结束。程灵洗不甘心，率部攻打石头城的西门，无奈势单力孤，屡战屡败。陈霸先不想内斗升级，多次派人去招降，但都被程灵洗拒绝。直到程灵洗确认王僧辩已死，再打下去已经没有意义，这才决定投降。陈霸先很欣赏程灵洗的义气，任命他为新的兰陵太守，助防京口。
王僧辩已死，萧渊明就没了依靠，他也很知趣，第二天（二十九日）就宣布逊位，让出皇城。文武百官在陈霸先的带领下重新给萧方智上劝进表。
十月初二，萧方智正式即皇帝位，改元绍泰，封萧渊明为太傅，封陈霸先为尚书令、车骑将军、都督中外诸军事，又遥封广州刺史王琳为车骑将军。
南梁虽然寻求独立自主，但毕竟现在国力太弱，经不起折腾。为了安抚北齐，避免高洋因为这件事兴师问罪，陈霸先还是给北齐送了一封国书，里面说王僧辩阴谋造反，已经被按律处死，南朝依旧向北齐称藩，两国的友谊不受影响。
石头城和建康的事情处理完了，但外围的麻烦还有一堆。
首先跳出来反对的就是吴兴郡太守杜龛，他得知陈霸先兵变的消息，当即在吴兴举旗造反，拒不承认陈霸先主导的新朝廷，边上的义兴郡（今江苏省宜兴市）太守韦载也起兵响应。
韦载是南朝名将韦睿的孙子，亦即讨伐侯景时牺牲的韦粲的堂弟，属于大名鼎鼎的京兆韦氏，他的态度也体现了世家大族对南朝本土势力的抵制。
此外，吴郡太守是王僧辩的弟弟王僧智，他得知胞兄被害之后，立刻闭城自守，东扬州刺史张彪也因为跟王僧辩交谊甚厚，拒绝归附陈霸先。
转眼之间，三吴地区几乎全反了。
现在淮河流域几乎全被北齐占领，长江中上游也处于失控状态，南梁的财粮赋税几乎完全依靠吴地，如果这里再出问题，建康就变成了光杆首都，根本撑不下去。陈霸先也很郁闷，他名义上是都督中外诸军事，实际上跟首都保安队长差不多，出了建康城就没人听他的了。
其实陈霸先在起事之时也已经预料到会有这种局面出现。由于他的家乡长城县属于吴兴郡管辖，为了避免宗族亲属被杜龛报复，他在出兵的同时，秘密派侄子陈蒨（qiàn）回到老家，组织乡兵自保。
陈蒨是陈霸先大哥陈道谭的儿子，今年三十四岁，为人沉稳大度，文武双全。问题是留给他的时间太少，他回乡之后刚刚召集了几百人，杜龛的副将杜泰就带领五千人突然杀了过来。
由于人数相差悬殊，战斗储备又严重短缺，大家都以为这次死定了，只有陈蒨谈笑自若，他指挥众人立栅设防，把长城县守得滴水不漏。杜泰知道陈蒨这边兵少，于是仗着人数优势日夜进攻，奈何苦战数旬，愣是没打下来，最后只好悻悻地退兵。
陈蒨坚守长城，有效牵制住了杜龛的主力，也给了陈霸先争取了各个击破的机会。他稳定好建康的局势之后，立刻派周文育领兵去吴地平叛。
首先需要处理的是离建康最近的义兴郡。
周文育本想着轻骑突袭一举攻占义兴，不料义兴太守韦载早有准备，他组织了一支强悍的弩兵守城，弩箭几乎每发必中，攻城部队根本无法靠近城墙。
这事儿其实跟陈霸先也有一定的关系，因为城上这些弩兵都是陈霸先训练出来的。
弩箭是陈霸先兄弟的独门绝技，侯景之乱期间，他的大哥陈道谭（陈蒨的父亲）曾经带领弩兵去支援台城，不幸死于国事。陈霸先本人更是极其擅长训练和使用弩兵，跟侯景决战的时候就是靠着两千强弩顶住了对方的死亡冲锋，一举奠定胜局。而义兴各县的守军中有不少人曾经是陈霸先旧部，擅于用弩。韦载下令把这些人集中到城墙上，用长索系成一串，后面站着一排督战队，要求每十发至少射中两发，否则格杀勿论。这些士兵保命心切，几乎每发必中，中则必死，给周文育的部队造成了极大的打击。
周文育见部队伤亡太大，只好下令后退，韦载趁机率军出城搭建水栅，跟周文育隔水对峙，战局僵持不下。
陈霸先不得已，只好自己亲率大军去支援周文育，留侯安都镇守建康。他本人的战斗力还是不错的，到达义兴之后很快就攻破了城外的水栅，把韦载逼回城内。陈霸先很欣赏韦载的才能，没有继续进攻，而是委托参军韦翙（huì）给韦载送去了自己的一封亲笔信，信中详细解释了自己的苦衷，又附上了皇帝萧方智的敕书。韦翙是韦载的族弟，以仁孝着称，很受族内兄弟们敬重。韦载跟陈霸先其实并无过节，争的无非就是一个面子，他见陈霸先言辞恳切，又有族弟出面调停，斟酌之后最终决定开城归附。
义兴郡再往南就是吴兴郡，距离长城县已经近在咫尺。当时长城县里的陈蒨还在被杜泰围攻，陈霸先本想继续进军帮侄子解围。然而就在这个时候，他最担心的事情发生了。
王僧辩的余党趁着他领兵出征、建康城内空虚之机，突然勾结北齐南下，此时石头城已经失守，建康也危在旦夕。