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所有部门设部长一位，副部长两位，下辖各司，司下设处。职能划分极其精细，权责明确，避免了推诿扯皮，效率倍增。
监察升级：将监察机构与吏部合并，职能强化，不仅监察百官，更负责绩效考核、职务任免，俨然一套完整的“考公考编”体系雏形，未来所有官员的升迁任免都将纳入严格体系。
兵权掌控：兵部改为军部，直属皇帝。
副部长之一由琅琊王萧若风担任，另一副部由原兵部尚书留任。
明菲交给他们一份结合了现代体能训练、战术配合、纪律强化思想的练兵纲要，萧若风二人初看时目瞪口呆，细读后如获至宝，连夜研究。
安全细分：刑部改为公众安全部（公安部），专注国内治安、刑事案件。
大理寺改为国家安全部，专司谋逆、间谍等危害国家安全的重案。
民生专管：太医院升格为卫生安全部，不仅要服务宫廷，更要研究瘟疫防治、培养民间医护人才，推广卫生观念。
御膳房改名为……呃，想不起来，算了不改了，主管研究推广饮食文化，毕竟美食不可辜负。
当最后一项关于逐步推行郡县制以取代部分世袭封地和江湖自治城的计划提出时，朝堂终于炸开了锅。
几乎所有官员，包括一些原本支持改革的，都强烈反对。
“陛下！不可啊！各地大城多有江湖势力盘踞，自成一体，骤然改制，必引剧烈反弹，天下动荡啊！”
“是啊陛下，此事牵一发而动全身，需从长计议，徐徐图之！”
面对潮水般的反对声，明菲却显得成竹在胸。她微微抬手，压下议论，淡然道：
“朕何时说过要一步到位？自然是循序渐进，先从朝廷掌控力强的地区开始试点。至于江湖……”
她嘴角勾起一抹意味深长的笑容：“有四顾门、金鸳盟、天机山庄、西南顾家、望城山，以及……李长生先生那些遍布各地的弟子家族势力在，江湖，乱不起来。”
她刻意略去了雨生魔和烟凌霞，毕竟是南决的人。
非我族类，此时提及只会徒增不必要的恐慌和反对。
有这些明面上的正道魁首和世家大族支持，足以震慑绝大部分宵小。
众臣闻言，想到新帝背后那深不可测的江湖网络，顿时哑口无言。
他们这才意识到，这位女帝的改革，并非空中楼阁，而是有着强大的武力和社会基础作为后盾的。
她不是在请求意见，而是在宣布决策。
一场看似狂风暴雨般的朝会，最终在明菲绝对的实力和清晰的规划下，归于平静。
各部门怀揣着或激动、或忐忑、或沉重的心情，领受了各自的任务。
一场席卷北离全境的深刻变革，就此拉开序幕。
而明菲知道，真正的挑战，现在才刚刚开始。
佑启元年，科举之期如约而至。