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全省所有武装，不论来历，不论番号，一律纳入整编。
公司的武装是第一批接到命令的。
特别是滇南的几个大矿，个旧的锡矿、东川的铜矿，这些矿山的护矿队，背后都或多或少有滇兴公司的影子。
个旧矿业公司的护矿队也更是滇兴公司一手创建。
军政府成立之前就已经是一支训练有素的队伍了，这次整编他们反而是最早响应的。
全省的公司武装的主力全部编入正规军，留下少量精锐转为普通护卫，继续归实业司管辖。
俘虏的十九镇新军是第二部分处理的。
军务部的人把俘虏分成几等，军官和革命党单独关押，暂不处理。
其他被裹挟的普通士兵，愿意留的编入正规军，不愿意留的发路费遣散。
最后处理的是各地巡防，城防营和地方团练。
为了确保整编顺利进行，两个旅也全部跑了出去，防止意外发生。
有的管带乖乖把队伍拉到了指定的整编点，有人拖了几天，试探了一下风向，发现昆明的态度没有松动的迹象，也陆续动身了。
各地城防营和地方团练的整编更麻烦一些。
城防营还好说，编制本来就在官府手里，头目大多是旧军官，识时务的多。
但团练不一样。团练是地方士绅自己掏钱办起来的。
有些团练的首领在本地根深蒂固，手里有枪有人，平时连县衙门的命令都不怎么听。
军务部派下去的人到了几个县，碰了软钉子。
有的团练首领说团练是保护乡里的，不算军队，不该整编。
带队的军官没有多说，回去立刻汇报。
第二天附近的一支队伍就来了，在镇外走了一圈，枪上的刺刀在太阳底下闪光。
第三天，那个团练首领主动把花名册送到了县衙。
这些队伍的整编过程中，最棘手的一件事，是裁撤老弱。
云南这个地方，吃兵粮的人太多，有些营里胡子白了还在扛枪的，年纪大了跑不动的，吸大烟吸垮了身子的，这些人都在这次整编中被清了出来。
军务部给他们两个选择，要么拿着五块大洋路费，自己回家。
要么加入省里的农场，不过抽大烟的要接受强制戒烟。
清理完之后剩下的那部分人，被分成了两股。
符合标准的，编入了新组建的正规军，按照军务部的统一编制重新划营、重新派官。
另一部分人则被分到了各县，按照各县实际情况，分别组建几十到一两百人数不等地方警察。
除了警察，各地严禁私购武器、私设武装。
这些警察不归军务部管，归民政司
云南省的警察总理，李睿安排之前西防负责人李学诗。
李学诗接到命令后，早已交出兵权的他，第一时间赶向昆明。
这些警察的任务不是打仗，是维持城镇治安、巡查街道、管理户籍、缉拿盗匪，替代那些跑了的、或者被裁撤的旧衙役。
装备的武器，也都是主力淘汰下来的落后步枪。