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林晓打开文件系统，找到之前项目团队留下的工作目录。
那里面塞满了各种脚本、中间结果、配置文件和日志记录。
目录结构虽然大致清晰，但文件版本混乱。
有些脚本存在多个命名相近的副本，时间戳跨度从几个月前一直延续到上周。
林晓扫了一眼，没有去翻看任何一个脚本的内容，也没有去核对文件之间的依赖关系。
他新建了一个备份目录，把整个工作目录原封不动地拷贝过去，然后直接执行了清空命令。
原目录中的文件在几秒钟之内被全部移除。
最后竟然只剩下一个干净的、只有空文件夹结构的根目录。
李继君的身体微微前倾了一些。
他直接愣住了。
等等！
没有看错吧？？
这是把之前的全部工作成果都清掉了？
他之前读过张泽於团队的代码。
知道那些脚本里至少有一部分是做完了数据预处理和初步密度图对齐的。
直接删掉等同于要把整个流程从头再走一遍。
他忍不住开口：“之前的那些中间结果，至少有几步是已经跑通的，不用完全推倒吧？”
林晓一边在空目录下新建自己的工作文件夹，一边回答。
“方向错了，保留中间结果没有意义。”
“他们先假设固定构象，再拟合密度图，这条路每走一步都在累积误差。”
“如果不把前面的步骤全部清掉，后面无论怎么改，都会带着之前的偏差走。”
“与其在后面慢慢修，不如直接从零开始。”
说完，他打开终端窗口，开始输入第一行命令。
手指接着在键盘上移动的速度很快，几乎没有停顿。
这下.
李继君看着林晓的操作，直接傻了。
他现在已经明白林晓是想先做构象聚类了。
但问题是，之前张泽於团队已经跑了大半年的流程，中间结果虽然方向偏了，但至少数据是处理过的。
现在全部清掉重来，时间来得及吗？
不过他站在原地，没有出声，只是继续看着屏幕。
林晓没有理会李继君的疑虑，手指继续在键盘上移动。
他先建立了一个数据索引文件，把同一类糖纤维在不同样品中的冷冻电镜密度图逐一登记，标注了每张图的样品编号、采集参数和分辨率范围。
然后他打开了一个脚本文件，开始输入一段新的代码。
李继君凑近了一些，看着屏幕上逐行出现的命令，慢慢反应过来了。
“你想做二维分类平均？”
“没错。”林晓有些意外地回过头，“你知道这个？”
李继君没有接话，但表情变了。
二维分类平均是冷冻电镜数据处理里的经典手段。
也是单颗粒分析中最基础也最核心的图像处理步骤之一。
只不过，原本是用来处理单颗粒样品的。
它的核心原理很简单。
单张冷冻电镜照片的信噪比极低，单个颗粒的投影图像几乎被噪声完全淹没。