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先去看了计算平台的部署环境，又去看了CryoSeek平台输出的糖纤维密度图数据集。
他在工位上坐下来之后，先是把整个项目的大概情况了解了一下。
然后才把项目组之前尝试过的自动化建模流程从头到尾翻了一遍。
包括他们用过的工具、参数设置和失败日志。
林晓没有急着评价。
他只是把那些报错信息和失败样本的结构特征逐条记在笔记本上。
这有点像是在脑子里画地图。
随着时间的流逝。
这张地图才逐渐有了全貌。
闫凝团队提出的CryoSeek策略，把冷冻电镜从解析已知结构的工具变成了发现未知生物大分子的放大镜。
这不依赖先验的序列或功能信息，直接从自然样本中提取研究对象。
今年4月发表在Sce上的成果，获得了整体糖质分辨率约2?、核心局部最高达1.8?的超高分辨率三维电镜密度图，实现了对天然糖质的近原子分辨率直接可视化。
更重要的是，研究发现糖质本身可以直接作为驱动生物大分子折叠与高级组装的关键结构单元，提出了“糖质缝合”“糖质桥”“糖质岛”等新型组装元件。
这已经颠覆了将糖质仅视为蛋白质附属修饰的传统认识。
而眼前的瓶颈在于......
CryoSeek已经筛出了好几类天然糖纤维的冷冻电镜密度图，但糖质结构建模的速度跟不上。
糖质没有模板，自动化工具适配不了新型结构，手动建模效率太低。
国家自然科学基金委已经把“破译生命的糖质密码”列为重大研究计划。
明确要求开发用于糖质结构模型搭建与结构优化的智能算法及模块化程序。
林晓忍不住啧啧称奇。
不得不说，放眼整个国际学术圈。
闫凝是也尤为擅长使用冷冻电镜的科学家之一。
她在结构生物学领域深耕多年，先后解析过多个具有里程碑意义的蛋白结构。
其中人源葡萄糖转运蛋白GLUT1的晶体结构是她最具代表性的工作之一。
全球结构生物学界甚至为此攻了整整五十年。
她在冷冻电镜技术方面的积累，不仅体现在数据采集和图像处理环节，更体现在对密度图质量的判断上。
她能在一张看起来已经足够好的密度图里，看出哪一块区域的信号不够可靠，哪一处结构的走向存在疑问。
这种判断力是长年累月在一线操作中形成的，不是靠读几篇方法学论文就能获得的。
也正因如此。
糖质结构解析项目卡在结构建模这一步时，她比谁都清楚问题的根源在哪里。
和数据没关系，是缺乏一个能有效处理这类复杂密度图的算法框架。
想到这里。
林晓心里逐渐有了数。
他大概明白了为什么闫凝会点名找他。
糖质结构建模的本质，和他在空间转录组中处理的问题是同一类。
在高度复杂、缺乏参考模板的数据中，识别出稳定的结构模式。
只不过一个是在密度图中搭建原子模型，一个是在表达矩阵中识别功能约束。
不过，现在的当务之急。
还是先和闫凝主任沟通过再说吧。