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说完，她继续补充道：“第二部分，是各位课题组的同学们，针对实际育种实验遇到的难题提问，大家可以自由发言、深度探讨。”
话音落下，顾洪雅率先抛出自己积攒已久的问题。
“你论文中提到，DCA在基因组尺度迁移的合法性，高度依赖QLE假设。我想请教，在真实的植物群体数据中，LD衰减速度和蛋白质序列连锁模式完全不在一个量级，这种情况下，QLE假设的实际适用边界，是不是比论文预设的还要更狭窄？”
这个问题极其专业，戳中了当下育种领域最棘手的实操痛点，稍有不慎就容易回答片面、出现漏洞。
不过这个对于林晓只能算小case。
毕竟邦妮教授之前帮他看论文的时候，那可是各种难题层出不穷。
“是的，实际边界远比理论预设更窄。”
“QLE假设在理想试验群体中可以完美成立，但玉米这类高LD连锁物种，相邻位点的耦合信号，会被连锁背景严重干扰、覆盖，极大影响预测精度。我在拟南芥试验中就已经发现了这个问题。”
接着，他继续解释道：“最优解决办法，是在数据推断前，先完成一步LD剥离。通过滑窗式背景模型，剔除连锁背景中的无效共变异信号，再将提纯后的有效信号代入DCA框架运算。”
顾洪雅眼神一凝，又追问了一个关键细节：“剥离处理之后，非编码区的位点召回率，还能保持原有精度吗？”
林晓没有丝毫迟疑，几乎是脱口而出：“可以维持稳定精度。”
“但核心关键在于剥离参数的适应性调整，不同作物的LD衰减速率差异极大，无法通用一套参数。”
“我在论文附录给出了通用调参框架，但尚未针对玉米物种做专项实测验证。”
顾洪雅听完点点头，眼底满是欣赏与认可：“那正好，我们课题组手握完整的玉米LD衰减曲线实测数据，刚好可以帮你完成框架验证，能省去你大量前期试验和数据整理的时间。”
全程一问一答，衔接流畅。
林晓的逻辑缜密，没有半点卡顿和含糊。
会议室里。
所有年轻师生看在眼里，心底齐齐冒出同一个念头：果然是名不虚传啊！
理论层面的深度探讨结束，接下来轮到学生提问环节。
万远翔和刘磊悄然对视一眼，彼此都看懂了对方的心思。
犹豫片刻后，万远翔深吸一口气，主动站起身，说出了困扰课题组许久的难题。
“林晓同学，你好。”
“我们课题组跑完GWAS分析后，筛选出了上千个候选基因位点，但通过传统方法完成功能注释后，绝大部分位点都找不到对应的调控关联，完全无法落地验证。”
“我们现在彻底卡在这一步，不知道是该继续深耕挖掘现有位点，还是彻底更换筛选策略，想请教一下你的建议。”
问完问题后，万远翔坐了下来，心底却有些打鼓。
他不否认林晓的计算生物学功底冠绝同龄人，甚至远超业内不少资深学者。
但理论算法和田间育种实操，向来存在一定的壁垒。
很多时候，算法模型、数据分析和一线育种需求完全脱节。
计算端的强势，不一定能能完美解决应用端的难题。
尤其是变化因素极多的田间实际问题。
所以，万远翔心里有些没底。
他甚至在脑子里已经预演了一遍林晓可能会说的话。
“你们的数据格式需要统一一下。”
“我建议你们先做一轮质控过滤。”
“这个算法的核心是统计物理模型，你们不需要完全理解……”
这类话他在各种技术对接会上听过太多次了。
每次都是算法专家讲一套、田间的人听一套。
最后谁也解决不了谁的问题。
但让他没想到的是。
林晓的回答，居然直接出乎了在场所有人的意料。