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林晓微微颔首，轻声作答：“直观解法很简单，哈希表就行。”
“将所有锚点序列哈希转化为键值，再遍历全部Reads逐一查表匹配，逻辑直白、操作简单。”
艾文心头一喜，正欲感慨两人思路一致，总算跟上了林晓的节奏。
可下一秒，林晓又补充了一句。
“但这只是理论最优，实际落地漏洞极大。”林晓语气平淡，条理清晰地剖析：“建哈希表的代价呢？”
“如果锚点有10万个，每个长度是120b，存储这些键值对需要多少内存？在真实的服务器上，这会导致频繁的缓存不命中，实际运行时间可能比理论上的O(n)慢十倍。”
“所以，最终采用了BWT索引，就是BWA算法里用的那个FM-Index。它的搜索复杂度是O的，是查询序列的长度，与参考序列的大小几乎无关，内存占用也小得多。”
艾文彻底沉默了。
行行行！
你字多，你有道理！
临近下课，铃声准时响起。
邦妮教授抬手压了压教室的嘈杂声，布置了本次课后作业。
“请大家写一个小脚本，对于模拟的10万条Reads，分别用暴力遍历和哈希索引两种方式，去寻找一个固定长度为60b的k-r。用ti命令记录两者的运行时间，下次课我们讨论为什么哈希表在某些数据分布下会比暴力法还慢。”
她合上电脑，最后看了一眼全班。
“记住，计算生物学的核心，就是从算法的复杂度和实际成本中找到那个最优雅的支点。”
“有时，那个最快、最精妙的算法，放在你的真实数据上，反而是最难用的。”
“下课。”
下课铃声落幕，同学们纷纷收拾书本结伴离开。
艾文也招呼林晓一同回寝室，却被他摆手拒绝了。
“我有点事，先去实验室一趟。”
艾文也不奇怪，自顾自的回去了。
林晓一个人拎起书包，径直朝着CSAIL实验室走去。
他步履轻快，眼底带着思索的光泽。
此时实验室里，安东尼正安稳处理课题数据。
看见林晓这么早归来，他不由得满脸疑惑，抬头诧异问道：“你不是说上午有好几节课吗？怎么这么快就回来了？”
林晓顺势落座，抬手打开工作站。
他一边等待设备启动，一边随口解释：“刚刚上了邦妮教授的课，略有启发，心里冒出了一点算法的优化新思路。”
话音落下的瞬间，安东尼脸上的笑容慢慢就消失了。
他人都有些麻了，心底只剩极致的荒谬与震撼。
别人上课是听课消化、勉强跟上进度。
林晓上课是边听边悟、当场迭代新思路？
刚跑完一套颠覆性DCA算法。
现在转头听一堂课，又双叒叕顿悟出新的优化方向？
尼妹的！
要不要这么夸张啊？