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罗清华激动的来回走了好几圈,心里一股热流,已经不知道该怎么好了。
好一会儿她才冷静下来,当即给肖宿回了电话,声音里压着激动:“这个平台如果真按你写的跑通了,我们那个未知序列的结构解析,时间能压到原来的十分之一吗?”
“不止。”肖宿在电话那头。
“后面还有全息交互层,结构解析只是第一步。你跟战老先生商量一下,把全国做基因和生物大分子计算的专家都召集起来,开个会。”
“平台建设需要多方配合,光靠你们几个做不完。”
罗清华激动的眼睛都红了,连连道“好”,电话一挂,立刻按肖宿的意思准备起来。
会议定在五天后,地点就在生物研究楼的大会议室里。
来的人比高长安预想的多了一倍,好几个兄弟院所的重点实验室主任直接带着团队骨干飞过来的,战清把遗传所的老班底全拉来了,罗清华那边联合了协和、海大和海市药物所的几个组,光学所的柯东带着罗华和温和林也到了场。
会议室里坐得满满当当,白板上已经被各种架构草图和接口协议占了大半。
罗清华先开了口:“相信方案大家都研究的差不多了,平台的计算层架构,我们跟阳院士那边碰过了,昆仑的机时已经预留出来。”
“现在的问题是张量网络环境粗粒化的参数标定,我们试跑了几个体系,键维数截断误差比预期大了将近一倍,收敛速度也慢。”
“肖院士方案里写的动态截断判据,我们还没吃透。”
战清在旁边补充:“月薯那段序列的初始构象生成也有麻烦。”
“现有的生成模型训出来的结构放到我们的体系里,打分函数给出来的排名跟实验对不上。”
“得重新训练,或者换一种表示方式。”
肖宿站在白板前面,手里拿着一支记号笔,听完两人的话,想了想。
“键维数截断误差大的问题,在于你们用的还是固定截断阈值。”
他在白板上画了一条曲线。
“张量网络的纠缠熵在环境区域不是均匀分布的,活性位点周围那一圈涨大,截断阈值要放得松,往外围去涨衰减得很快,阈值可以收得很紧。”
“把固定阈值换成随空间位置衰减的自适应阈值函数,误差能压下来,速度也能提上去。”
他又转向战清:“初始构象的问题,不要用生成模型直接生成。”
“先用经典分子动力学跑一段粗略的退火,把明显的构象冲突消掉,得到一个低精度的起始结构。”
“之后用量子区域做局部精修,环境区域用粗粒化描述跟上,迭代几轮,初始构象就出来了。”
“这样虽然慢了一点,但会更稳。”
罗清华和战清对视了一眼,同时点了点头。
柯东在这时候开了口:“肖院士,光学这边的问题比较具体。”
“你方案里写的全息投影层,十五帧每秒的刷新率,我们拿现有的DMD阵列试了一下,相位全息算法跑一帧的耗时比预期长了三倍。”
“要压到十五帧,算法得重新设计,或者上更快的空间光调制器。”
肖宿想了想:“算法不用重写,做分层渲染就行。”
“分子骨架用低分辨率全息图,侧链和活性位点用高分辨率叠加。”
“人眼对整体构象变化的敏感度远低于对局部细节的敏感度,分层渲染能在不降低交互体验的前提下把计算量砍掉一大半。”