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大业十三年（617年），李密率瓦岗军猛攻虎牢关，裴仁基坚守不住，又听闻隋炀帝在江都被杀，心灰意冷，最终决定献关投降，归附瓦岗军。
秦琼无奈，只得跟随裴仁基，一同归顺瓦岗军，成为李密麾下将领。
李密久闻秦琼勇武之名，见秦琼来投，大喜过望，对其极为器重，当即任命秦琼为帐内骠骑，统领瓦岗军最精锐的八千内军，待之甚厚。
这支内军，是瓦岗军的核心精锐，战斗力极强，李密曾扬言“此军可敌百万”。
秦琼感念李密知遇之恩，尽心辅佐，训练士卒，整顿军纪，很快将内军打造成一支战无不胜的劲旅。
在瓦岗军期间，秦琼跟随李密，南征北战，屡立战功，成为瓦岗军数一数二的猛将。
武德元年（618年），宇文化及在江都弑杀隋炀帝，率领十万骁果军北上，与瓦岗军展开决战。
双方在黎阳展开激战，战况惨烈，瓦岗军一度陷入被动。
激战中，李密不幸被流矢射中，坠马倒地，气绝昏迷，左右将士纷纷溃散，追兵将至，形势万分危急。
就在这千钧一发之际，秦琼挺身而出，独身一人，奋力扞卫，将李密从乱军之中救出。
随后，秦琼收拢残兵，稳住阵脚，率军反击，拼死力战，击退宇文化及的追兵，保住了瓦岗军的主力。
此战之后，李密对秦琼更加信任，视为心腹重臣，秦琼也成为瓦岗军的中流砥柱。
可惜，李密为人骄傲自大，刚愎自用，平定宇文化及后，更是目中无人，不听谋士劝谏，最终导致瓦岗军内讧，实力大损。
不久，王世充率军突袭瓦岗军，李密轻敌战败，瓦岗军彻底溃散，李密率残部投降唐朝。
秦琼则在混战中被王世充生擒，被迫归顺王世充。
王世充，洛阳割据势力首领，为人奸诈狡猾，反复无常，擅长伪装，靠花言巧语笼络人心。
他久闻秦琼威名，生擒秦琼后，大喜过望，当即任命秦琼为龙骧大将军，赏赐丰厚，待之甚厚，试图将秦琼收为己用。
秦琼虽被迫归顺，但他眼光毒辣，早已看穿王世充的为人——奸诈多疑，心胸狭隘，难成大事。
他不愿跟随这样的人，心中始终怀揣着寻找明主的想法。
武德二年（619年）二月，王世充与唐军在九曲交战，秦琼与程咬金、罗士信等瓦岗旧将，趁机率数十名亲信骑兵，临阵倒戈，脱离王世充，直奔唐营，投降唐朝。
王世充麾下将士虽多，但畏惧秦琼勇武，无一人敢上前阻拦，只能眼睁睁看着秦琼等人离去。
这一弃暗投明，成为秦琼人生中最重要的转折点，也让他真正踏上了建功立业、名垂青史的道路。
唐高祖李渊见秦琼来降，大喜过望，深知秦琼勇武，当即任命他为马军总管，派往秦王李世民麾下效力。
李世民，后来的唐太宗，雄才大略，知人善任，求贤若渴，早已听闻秦琼大名，对其极为敬重，厚加礼遇。
秦琼归顺李世民后，如鱼得水，终于遇到了真正的明主，他心中感激，发誓誓死追随李世民，为大唐平定天下，鞠躬尽瘁，死而后已。
此时的唐朝，虽已建立，但天下尚未平定，四方割据势力林立，宋金刚、王世充、窦建德、刘黑闼等势力，各自占据一方，虎视眈眈，威胁着唐朝的统治。
秦琼跟随李世民，开启了横扫群雄、平定天下的征程。
武德二年（619年）十二月，宋金刚率军南下，进犯唐朝，麾下猛将尉迟恭（尉迟敬德），勇猛无敌，屡败唐军，唐军节节败退，形势危急。
李世民率军抵御，秦琼随军出征，双方在美良川展开决战。
此战，秦琼一马当先，冲锋陷阵，手持马槊，在敌阵中纵横驰骋，如入无人之境。
他身先士卒，率部猛攻，斩杀敌兵无数，大破尉迟恭所部，一战成名。
美良川之战，秦琼立下首功，李世民大喜，赏赐黄金百斤、杂彩六千段，晋升秦琼为秦王府右三统军。
不久，尉迟恭兵败，投降唐朝，成为李世民麾下猛将，与秦琼并肩作战，二人后来一同被民间奉为门神，传为千古佳话。
此后，秦琼跟随李世民，继续征战，先后平定宋金刚、王世充、窦建德、刘黑闼等割据势力，每战必为前锋，所向披靡。
《旧唐书》记载：“叔宝每从太宗征伐，敌中有骁将锐卒，炫耀人马，出入来去者，太宗颇怒之，辄命叔宝往取。叔宝应命，跃马负枪而进，必刺之万众之中，人马辟易。”
意思是，每次两军对阵，敌方有嚣张跋扈、炫耀勇武的猛将，李世民便命秦琼出战。
秦琼领命后，单枪匹马，冲入敌阵，在万众之中，将敌将斩杀，敌军无不畏惧溃散，从无失手。
这份勇武，纵观整个隋末唐初，无人能及，秦琼也因此被誉为“隋末第一猛将”。
平定王世充后，秦琼因功进封翼国公，赐黄金百斤、帛七千段。
平定刘黑闼后，再赏物千段，成为大唐开国功臣中，战功最为卓着的猛将之一。
跟随李世民的数年里，秦琼南征北战，历经大小百余战，屡中重创，身上伤疤无数。
他曾对人说：“吾戎马所经二百余阵，屡中重创，计吾前后出血，亦数斛矣，得不病乎？”
常年征战，透支了他的身体，也为他后来的早逝，埋下了伏笔。
武德九年（626年），唐朝内部，太子李建成、齐王李元吉，与秦王李世民之间的矛盾，日益激化，达到白热化程度。
李建成忌惮李世民的军功与势力，联合李元吉，多次设计陷害李世民，欲除之而后快。
李世民麾下谋士猛将，纷纷劝谏李世民，先发制人，诛杀李建成、李元吉，夺取储位。
秦琼作为李世民的心腹猛将，自然也参与其中，坚定地站在李世民一边，支持他发动政变。
六月初四，李世民在玄武门设伏，发动政变，诛杀李建成、李元吉，史称“玄武门之变”。
关于秦琼在玄武门之变中的具体作用，史书记载简略。
有说法认为，秦琼当时率部在玄武门外，抵御李建成、李元吉的援军，防止援军入宫，为李世民诛杀李建成、李元吉，争取了宝贵时间。
虽然秦琼在玄武门之变中的直接封赏，不如尉迟恭等人（食邑七百户，尉迟恭一千三百户），但他的功劳，不可磨灭。
玄武门之变后，李世民顺利登基，是为唐太宗。
秦琼因功被授予左武卫大将军，实封七百户，成为大唐禁军统领，位高权重。
此时的秦琼，功成名就，位极人臣，爵位显赫，深受唐太宗信任与器重。
但常年征战留下的旧伤，开始反复发作，身体日渐衰弱。
贞观元年（627年），秦琼因伤病缠身，逐渐淡出朝堂，不再参与朝政，在家中静养。
唐太宗念其功高，对他十分优待，赏赐不断，允许他安心休养，无需上朝议事。
此后数年，秦琼一直在家中养病，远离朝堂纷争，过着清闲安逸的生活。
他虽不在朝堂，但唐太宗始终铭记他的功劳，时常派人探望，赏赐财物，关怀备至。
贞观十二年（638年），秦琼病情加重，医治无效，病逝，享年六十七岁。
唐太宗闻讯，悲痛万分，追赠秦琼为徐州都督，陪葬昭陵，特许在其墓前雕刻石人石马，彰显其赫赫武功。
贞观十三年（639年），唐太宗改封秦琼为胡国公。
贞观十七年（643年），唐太宗为表彰开国功臣，命阎立本绘制凌烟阁二十四功臣画像，秦琼位列其中，名垂青史，万古流芳。
在民间，秦琼的形象，更是深入人心，流传千古。
因他勇武过人，能镇宅辟邪，百姓将他与尉迟恭一同奉为门神，家家户户张贴他的画像，守护平安，这份信仰，延续千年，至今不衰。
在评书演义、戏曲小说中，秦琼更是被塑造成“忠义无双、侠义千秋”的代表人物，“为朋友两肋插刀”的典故，更是家喻户晓，妇孺皆知。
虽然正史中的秦琼，没有演义里那般传奇，但真实的他，更加令人敬佩。